Исследование заключается в количественном посеве патологического материала (пунктат) на питательные среды с последующим выделением возбудителей инфекции, определением их концентрации и чувствительности к антибиотикам. Как правило, этиологически значимым возбудителем гнойно-септических инфекций считается микроорганизм, выделенный из клинического образца в концентрации 105 и выше КОЕ/мл. Чувствительность микроорганизмов к антибактериальным препаратам производится только при выделении из патологического материала этиологически значимого возбудителя в соответствующей концентрации (смотри выше).

Микроорганизмы, выделенные из исследуемых образцов в концентрации менее 104КОЕ/мл, возбудителями не являются и не требуют определения. КОЕ/мл — количество «колониеобразующих единиц» — количество жизнеспособных микроорганизмов в 1 мл патологического материала, способных при посеве на плотные питательные среды образовывать соответствующее количество колоний микробов. Исследование подразумевает выделение аэробной и факультативно-анаэробной микрофлоры, не предусматривает выделение облигатных анаэробов, грибов, простейших, уреаплазм/микоплазм, а также прихотливых микроорганизмов, требующих особых условий культивирования (Neisseria meningitides, Neisseria gonorrhoeae, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Corynebacterium diphtheriae).